Школе в Абагайтуе, как образовательному учреждению, больше ста лет.
До 1918 года существовала церковно-приходская школа, учителем в которой работала Покровская Евдокия Семёновна.
В 1923 году открылась в Абагайтуе двухлетняя школа, учителями в которой работали: Пляскин Иван Семёнович и Горбунова Татьяна Алексеевна.
В 1926 году эту школу окончили 14 абагайтуйцев.
Ныне действующая школа начала работать в 1968 году.
Первый директор — Гладилин Александр Валентинович.
Тогда же преподавала русский язык и музыку его жена, Валентина Алексеевна.
Первый выпуск школы состоялся в 1970 году.